Luego del informe de búsqueda, la publicación internacional, el informe de examen preliminar internacional y de haber tenido la posibilidad de modificar la solicitud, el solicitante puede decidir si continúa o no con la tramitación de la solicitud de patente en cuestión.

Así, en caso de continuar con el procedimiento, el solicitante debe acudir directamente a las oficinas nacionales designadas/elegidas, y entrar a la llamada "Fase Nacional", correspondiendo en definitiva a estas Oficinas conceder o rechazar la solicitud de patente.

El plazo para entrar a Chile en fase nacional es de 30 meses contados desde la fecha de prioridad, y se aplica independientemente de demoras en la fase internacional. Para consultar sobre el plazo en otros Estados, se sugiere ver el capítulo nacional pertinente en la Guía del Solicitante PCT (Fase Nacional).
Sólo pueden entrar a Fase Nacional en Chile las solicitudes PCT que hayan sido presentadas internacionalmente a contar del 02 de Junio del 2009, fecha en la que el Tratado entró en vigencia en nuestro país.